Keiichi Tsunoda

2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。 被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。 「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか？」と反発するメンバー。 事件の背後にあったのは、戦後の義体開発の行く末を左右する技術的障害【デッドエンド】をめぐる政治的取引。 さらに「洗脳・ゴーストへの侵入・疑似記憶の形成」を一度に行う電脳ウィルス【ファイア・スターター】の存在も見え隠れする。 そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。暗躍する謎のサイボーグ。 総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった１人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。 「自分のゴースト（魂）に従え」。残された６人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。 “攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。

2116年。日本政府は「シビュラシステム」と無人ロボット・ドローンの輸出を開始。実験的導入により、内戦状態だった東南アジア連合SEAUn（シーアン）の水上都市シャンバラフロートは一時の平穏を手に入れた。だが、同連合から日本へテロリストが送られる。シビュラシステムをかいくぐり、中枢へ攻撃を仕掛けようとするテロ一味。そこにはある男の影が落ちていた。刑事課一係の常守朱はシャンバラフロートの捜査へ旅立つ。

戦後復興の兆しある2028年冬のニューポートシティ――。 国外カルテルの利権を巡る水の価格協定への抗議デモを見守る、草薙素子少佐率いる独立攻性部隊の姿があった。その目の前で警備の機動隊による無差別発砲事件が突如発生。それら前代未聞の同時ゴーストハックは電脳ウィルス“ファイア・スターター”が引き金となったものだった。草薙は感染源であるサイードを特定、事件鎮圧のために銃撃する。その最中、草薙の電脳に“枝”をつけた何者かがいた。バトーたちが対象人物の元へと急行すると、そこには全身義体の少女ツダ・エマの姿があった――。陸軍情報部ホヅミ大佐が申し出たエマの引取りを拒絶した荒巻の指示で彼女を護送・調査する草薙は、エマのゴーストへのダイブを敢行。そこには“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア、ふたつのゴーストが存在した。彼らが目指すものは何なのか。陰謀渦巻くダブルゴーストの真相に草薙が迫る――。

恋人と甘い一時を過ごす休暇中の草薙素子の元に、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。 それと同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚（MERMAID'S LEG）”と記された義体技師の名刺と義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに死んだ刑事の後輩であるトグサが捜査を開始する。