После окончания жестокой Мировой Войны в Японии наука сделала резкий скачок вверх и начала развиваться не по дням, а по часам, давая человечеству выбор продолжать жить и ослаблять страдания с помощью современной кибернетики. Все человечество связано с помощью системы умов и личностей, известных как «Призраки». Самой большой угрозой цивилизации являются кибер-террористы, которые способны украсть человеческие тела и память. Когда вирус под названием FIre-Starter заражает систему и начинает распространяться, происходит убийство премьер-министра Японии, совершенное таинственным киборгом. Майора Мотоко Кусанаги и её элитную команду оперативников специального назначения призывают выследить источник заражения. Копаясь всё глубже и глубже в расследовании, они обнаруживают следы правительственной коррупции и подозрительного брокера, который может иметь к этому отношение.
2116 год. Японское правительство начинает экспортировать автономных роботов-дронов с системой Сивиллы в «проблемные» страны, и Сивилла распространяется по всему миру. В качестве эксперимента решается запустить Сивиллу в СЮВАС (Союз Юго-Восточных Азиатских Стран) — государство, истерзанное гражданской войной. Опыт оказался удачным, и благодаря новой системе прибрежный город Шамбала начинает благоденствовать в обстановке временного перемирия и безопасности. Однако затем СЮВАС посылает в Японию своих агентов с целью совершить теракт. Те успешно проникают сквозь охрану Сивиллы и наносят удар изнутри. Подозрение падает на конкретного человека. Ответственная за проведение расследования, офицер Цунэмори, отправляется в Шамбалу.
Posing as lovers on vacation, Motoko and Batou work to try to stop a terrorist organization whose symbol is the Scrasath. Meanwhile, Togusa investigates a murder of a man who possessed a prosthetic leg manufactured by the Mermaid's Leg corporation.
