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Osamu Fujimoto es asesor e hijo del primer ministro al que han asesinado. El suceso, bautizado como el mayor acontecimiento desde la guerra, hace que Osamu colabore con la Mayor Kusanagi y la Sección 9, para descubrir la verdad detrás del asesinato.
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Haciéndose pasar por los amantes de vacaciones, Motoko y Batou trabajan para tratar de detener una organización terrorista cuyo símbolo es el Scrasath. Mientras tanto, Togusa investiga un asesinato de un hombre que poseía una pierna protésica fabricado por la corporación de la pierna de la sirena.
