2029년 3월, 전후 최대의 사건으로 불리는 일본 총리 암살사건이 벌어지자, 쿠사나기 소령은 사이보그 대원들로 구성된 정예 부대를 이끌고 수색에 나선다. 대테러의 배후를 파헤치던 쿠사나기 소령은 자신과 똑같은 모습을 한 사이보그를 뒤쫓던 중, 그녀의 출생에 얽힌 충격적인 진실을 마주하게 되는데… 드디어 ‘공각기동대’의 전설적인 서막이 열린다! “자신의 고스트를 따르라!”
공안 9과 창설 후 쿠사나기 소령은 애인과 즐거운 한 때를 보낸다. 한 편 순도 100퍼센트의 정밀공업용수 확보를 위해 물 가격 협상을 벌이던 도중 댐이 폭파되고 물 매매에 제동이 걸리게 된다. 물 가격 협상을 제지하려는 쿠잔 공화국의 게릴라인 카르디스인들은 음모를 꾸미게 되고 마침내 공안 9과에까지 접근을 하게 되는데...
