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Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
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Após a terrível Quarta Guerra Mundial, os habitantes de New Port City ainda sofrem bastante com as consequências dos bombardeios, e a cidade tenta aos poucos se recuperar. Mas a situação voltar a ficar complicada quando um homem, usuário uma perna mecânica produzida pela Mermaid's Leg, é morto misteriosamente. Agora, Motoko e Batou terão que trabalhar duro para desvendar o crime.
