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Ash, Pikachu y sus amigos se encuentran en un hotel, cuando de repente aparecen unos anillos dorados que los transporta a Ciudad Desert, donde se encuentran con Hoopa, el cual que tiene la habilidad de hacerse con todo lo que se desee (incluyendo a personas y Pokémon) con ayuda de sus anillos mágicos...
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Un grupo de científicos ha estado trabajando en un laboratorio secreto, tratando de crear el Pokémon más fuerte que exista. Para ello, han tomado ADN de una muestra de cabello fosilizada del legendario Pokémon Mew, utilizando el código genético de la evasiva criatura para crear a Mewtwo mediante la ingeniería biológica. Ignorantes del poder de su creación, los científicos y sus laboratorios son destruídos por Mewtwo cuando se despierta. Airado con sus creadores, Mewtwo jura vengarse del mundo...
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Mayuka es una chica que aparece un día y dice ser la hija de Tenchi. A medida que el shock inicial, todos en el hogar Masaki se acostumbra a la presencia de Mayuka. Sin embargo, las cosas sólo se hacen más interesante como Washu trata de descubrir el fondo de Mayuka. Lo que implica Washu encontró demonio, el Príncipe de Jurai, y las emociones no correspondidos.
