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지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!
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세계 최강의 포켓몬을 만들겠다는 생각을 한 과학자들은 뮤의 머리카락으로 뮤츠라는 복제를 만들어낸다. 그러나 뮤츠는 뮤와는 달리 흉폭한 성격으로 인간들을 증오하는 마음을 가지고 있다. 또한 자신을 이용하여 세계를 정복하려는 로켓단의 두목을 뒤로 하고 뉴아일랜드 성으로 향한다. 스스로 가장 강한 포켓몬 트레이너라고 칭하던 뮤츠는 다른 트레이너들의 포켓몬들을 납치하여 원래의 포켓몬보다 뛰어난 실력을 가진 복제 포켓몬을 만들어내는데...
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어느날 텐치의 앞에 자칭 텐치의 딸이라는 16세의 여자아이 마유카가 나타난다. 하지만 와슈의 실험 결과 마유카의 주장은 사실인 것으로 판명되고, 믿을 수 없는 이 사건에 대해 텐치 일행은 놀라움을 금치 못한다. 결국 마유카가 미래에서 온 텐치의 딸이라는데 동의를 한 일행은 곧 마유카의 엄마가 누군지에 관심을 쏟는다. 하지만 마유카는 아빠에 대한 기억 밖에 없다고 말하는데...
