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Cem anos atrás, a cidade do deserto “Désser City” foi severamente danificada por uma batalha épica entre os Pokémon. A batalha foi iniciada devido a um Pokémon específico. No entanto, o Pokémon foi selado por alguém, e a cidade voltou a ser calma e normal como era antes até os dias de hoje. Ash, Pikachu, Serena, Clemont e Bonnie continuam a sua jornada, e durante este perído encontram o Pokémon mítico Hoopa, que carrega anéis onde tem a capacidade de invocar tudo até mesmo Pokémon Lendários.
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Cientistas trabalham para criar o mais forte e poderoso pokémon de todo o planeta. Seus esforços têm resultado quando Mewtwo, um pokémon de poderes psíquicos, ganha vida. Só que a criatura se rebela, destrói o laboratório em que foi criado e resolve por convocar uma batalha contra os maiores treinadores de pokémons para poder conquistar o planeta.
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Uma menina, Mayuka, aparece um dia dizendo ser a filha de Tenchi, causando um grande choque na casa dos Masaki. O caos segue enquanto Washu tenta descobrir a história de Mayuka, enquanto as meninas tentam se ajustar à nova presença. O resultado do afeto de Tenchi por Mayuki o coloca em perigo. Agora, Tenchi e Ryoko devem viajar ao reino de um demônio chamado Yuzuha a fim tentar acertar as coisas, mas sua tarefa não será fácil.
