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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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Un momento de descanso de la feroz batalla con Ainsworth. Ilya y los demás que rescataron a Miyu son informados por Shiro Emiya del mundo paralelo sobre el pasado de Miyu y la Guerra de la Copa Sagrada que ocurrió en este mundo. Era el triste destino de Miyu, y era la historia de una feroz batalla que su hermano Shiro libró por la vida de Miyu. Ainsworth sacrifica a Miyu para salvar a la humanidad. Shiro decide convertirse en el enemigo del mundo para Miyu. Ilya promete proteger todo en dos justicias en conflicto. 'Ayudaré. ¡Decidí encontrar una manera de ayudar a todos!' Para crear un mañana en el que puedas reír con tus seres queridos―.. ¡La batalla de las chicas mágicas comienza de nuevo...!
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Un momento de descanso de la feroz batalla con Ainsworth. Ilya y los demás que rescataron a Miyu son informados por Shiro Emiya del mundo paralelo sobre el pasado de Miyu y la Guerra de la Copa Sagrada que ocurrió en este mundo. Era el triste destino de Miyu, y era la historia de una feroz batalla que su hermano Shiro libró por la vida de Miyu. Ainsworth sacrifica a Miyu para salvar a la humanidad. Shiro decide convertirse en el enemigo del mundo para Miyu. Ilya promete proteger todo en dos justicias en conflicto. 'Ayudaré. ¡Decidí encontrar una manera de ayudar a todos!' Para crear un mañana en el que puedas reír con tus seres queridos―.. ¡La batalla de las chicas mágicas comienza de nuevo...!
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Conan viaja a Singapur, concretamente a la famosa Marina Bay Sands, escenario en el que se ha producido un cruento asesinato. La investigación parece girar en torno a una gema legendaria conocida como 'Zafiro Azul', que lleva sumergido en el océano desde finales del siglo XIX. Makoto Kyôgoku ayudará al joven detective a detener a Kaitō Kid, quien quiere robar la tan preciada joya.
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El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.
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Una bomba ha estallado en la central de Nichiuri TV, símbolo de Osaka. Dentro de las instalaciones, se estaba rodando la final de la Copa Satsuki, de la que se conocería al ganador de Hyakunin Isshu de Japón. La situación es complicada, el edificio se está derrumbando y, en el interior, tan solo quedan el detective juvenil del oeste, Heiji Hattori y su amiga de la infancia, Kazuha Toyama.
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Upon arriving at the Digital World after the "reboot", the digidestined are hunted by a new villain. Meanwhile, Sora is troubled by her partner digimon's indifference towards her.
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¡Una historia completamente nueva, que describe el comienzo de 'Detective Conan'! Toda la verdad sobre el día en que fue envenenado por aquellos misteriosos Hombres de Negro y como se encogió... ¡Ahora será revelada! ¡Un especial que contará todo lo que no ha sido dicho antes!
