Moe Matsuda

東京･八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設｢パシフィック･ブイ｣。本格稼働に向けて、ヨーロッパの警察組織･ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある｢新技術｣のテストも進められていた―。 　一方、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていたコナン達 少年探偵団。するとコナンのもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポールの職員がドイツでジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは、｢パシフィック･ブイ｣の警備に向かっていた黒田兵衛ら警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入。すると、システム稼働に向け着々と準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…！ さらに彼女が持っていた、ある情報を記すUSBメモリが組織の手に渡ってしまう… 　海中で不気味に唸るスクリュー音。そして八丈島に宿泊していた灰原のもとにも、黒い影が忍び寄り…

エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」大切な人たちと笑いあえる明日を作るために―。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！

エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」大切な人たちと笑いあえる明日を作るために―。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！

4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。

19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる、世界最大のブルーサファイア“紺青の拳”。現地の富豪が回収を目論み、表舞台にその姿を現した時、マリーナベイ・サンズにて殺人事件が発生。現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた──。一方、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦する為、蘭と園子は現地を訪れていた。パスポートを持っていないので海外渡航できないコナンは留守番のはずだったが、彼を利用しようとするキッドの奇術的な方法により、強制的にシンガポールへ連れてこられてしまう。

東京サミットの会場を予定していたリゾート施設"エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか？ そして事件の真実とは？

日本の競技かるた界を牽引する皐月会主催の大会“皐月杯”の会見に招待された小五郎とともに、大阪にやって来たコナンたち。だが、会見会場のテレビ局で爆破事件が発生、コナンは崩壊するビルの中に取り残された西の名探偵・服部平次と幼なじみの和葉を辛うじて救出する。コナンと平次が、目的不明で犯行声明もないこの事件に疑問を抱く一方、彼らの前に平次の婚約者だという競技かるたの高校生チャンピオン、紅葉が現われて……。

メイクーモンの暴走や、起きてしまったリブートに対して苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへ向かう。そこで再会したパートナーデジモンたちは過去の記憶を失っていたが、太一たち「選ばれし子どもたち」は、再び絆を築こうとデジモンたちと接していく。そんなある時、突然姿を現したメイクーモンが芽心を探していることを知った太一たちは、メイクーモンを救うためデジタルワールドを旅する決意を固めるが……

新一と蘭は、蘭が空手の大会で優勝したお祝いに遊園地・トロピカルランドに行くことに。せっかくのデートにも関わらず、そこで2人は、とある事件に巻き込まれてしまう。 2人が乗ったジェットコースターで殺人事件が発生したのだ。容疑者は7人。その中には黒ずくめの組織のジン、ウォッカの姿も。 新一は殺害トリックを見破って、見事に事件を解決するのだが…。