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Es otoño y la ciudad de Neo-Venezia está cubierta de hojas caídas. Algo está molestando a Anya, que trabaja en Orange Planet. Sus colegas Alice y Athena no se han visto debido a sus apretadas agendas, lo que hace que Athena se sienta triste. Pero por alguna razón, Alice parece estar evitándola por completo. Con la ayuda de sus amigas Ai y Azusa, Anya intenta encontrar una forma definitiva para que Alice y Athena se reúnan. Pero durante este tiempo, Anya se entera de una situación que solo ella puede resolver debido a su posición.
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En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer amor, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: una en la escuela secundaria y otra que se ha convertido en una adulta. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con las dos Shouko, la versión adulta causa una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la otra Shouko de escuela secundaria sufre de una enfermedad grave y su cicatriz comienza a latir ...
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La carrera de la cantante Ranka va en alza, mientras Sheryl va en caída, junto con su estado de salud. Al mismo tiempo, las facciones separadas están maniobrando detrás de escenas, buscando controlar la horda Vajra mediante el canto de las dos cantoras. Toda la flota Macross Frontier comienza a librar su guerra final sobre los Alienigenas, Alto Saotome finalmente hace una elección entre Ranka y Sheryl.
