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ネオ･ヴェネツィアの街が、落ち葉の絨毯で彩られる秋。 オレンジぷらねっとで修業の日々を送るアーニャには、気がかりなことがありました。 お互いに多忙なこともあり、長い間会えていない先輩のアリスとアテナ。 そのせいで元気がないアテナに対し、アリスはなぜか会うのを避けている様子なのです。 友達のアイとあずさにも協力してもらい、先輩たちが絶対に会える方法を探す中、 アーニャは今の自分だからこそ見える“景色”があることに気づかされるのでした……。
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高校二年生の梓川咲太（声：石川界人）は、空と海が輝く街・藤沢に暮らし、先輩であり恋人でもある桜島麻衣（声：瀬戸麻沙美）と心躍るような日々を過ごしている。しかしそんな日常が初恋の相手・牧ノ原翔子（声：水瀬いのり）の出現により一変。何故か中学生の翔子と大人の翔子との二人が存在しており、咲太はやむなく翔子と一緒に住むことになるが、大人翔子に翻弄され麻衣との関係がぎくしゃくしだす。そんな中、中学生翔子が重い病気にかかっていることが判明。咲太の傷跡が疼きはじめる。
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西暦2059年、移民船団“マクロス・フロンティア”は、新天地を求めて銀河を航海していた。未知なる重機甲生命体“バジュラ”から襲撃を受けるが、S.M.Sの命懸けの死闘や、シェリル・ノーム（声：遠藤綾）とランカ・リー（中島愛）という2人の歌姫の活躍で交戦は終わりを迎えた。それから数カ月後、ランカはスターへの道をかけ上がっていた。一方、シェリルは死を予感しながら、それでも高みを目指していた。パイロット志望の少年・早乙女アルト（中村悠一）は、マクロス・フロンティアで暮らしている。アルトは、ランカたちと出会う。しかし、彼女たちの歌声には、バジュラにまつわる謎が秘められていた。その謎を狙う者たちが、マクロス・フロンティアに襲いかかる
