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A estação é outono e a cidade de Neo-Venezia está coberta de folhas caídas. Algo está incomodando Anya, que trabalha no Orange Planet. Suas colegas mais velhas, Alice e Athena, não se viram devido à agenda lotada, o que está fazendo Athena Mas, por algum motivo, Alice parece evitá-la completamente. Com a ajuda de suas amigas Ai e Azusa, Anya tenta encontrar uma maneira definitiva de Alice e Atenas se encontrarem. Mas durante esse tempo, Anya fica sabendo de uma situação que só ela pode ver por causa de onde ela está.
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Em Fujiwara, onde os céus brilham e os mares brilham, Sakuta Azusagawa está em seu segundo ano do ensino médio. Seus felizes dias com sua namorada e veterana, Mai Sakurajima, são interrompidos com a aparição de sua primeira paixão, Shoko Makinohara. Por razões desconhecidas, ele encontra duas Shokos: uma no ensino médio e outra que se tornou adulta.
Como Sakuta se vê vivendo desamparado com Shoko, a Shoko adulto o leva pelo nariz, causando uma enorme brecha em seu relacionamento com Mai. Em meio a tudo isso, ele descobre que Shoko, do ensino médio, está sofrendo de uma doença grave e sua cicatriz começa a latejar…
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Picking up from where the previous movie left off, Ranka's star career flourishes while Sheryl's health rapidly deteriorates after collapsing during a live performance. At the same time, separate factions are maneuvering behind the scenes seeking to control the Vajra horde by utilizing the singing abilities of the two songstresses. As the entire Macross Frontier fleet begins to wage its final war on the Vajra, Alto finally makes a choice between Ranka and Sheryl.
