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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer amor, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: una en la escuela secundaria y otra que se ha convertido en una adulta. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con las dos Shouko, la versión adulta causa una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la otra Shouko de escuela secundaria sufre de una enfermedad grave y su cicatriz comienza a latir ...
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Takashi Natsume continúa devolviendo los nombres de los espíritus que se han escrito en el "Libro de los Amigos" que heredó de su abuela, Reiko Natsume. Mientras navega entre humanos y youkai con su amigo, mascota y guardaespaldas Nyanko-sensei, Natsume se reúne casualmente con un viejo compañero de clase, Daisuke Yuuki. Este reecuentro le trae recuerdos dolorosos de un youkai de su pasado. Mientras tanto, Natsume también se familiariza con Yorie Tsumura, una mujer que conocía a Reiko y que estaba en los recuerdos de un youkai cuyo nombre había regresado. Yorie ahora vive una vida pacífica con su único hijo, Mukuo. Pasar tiempo con esta familia consuela a Natsume, pero un misterioso youkai ha estado al acecho en su ciudad. En el camino de regreso de la investigación con Natsume, Nyanko-sensei termina metiéndose en problemas de los que solo Natsume y sus amigos, ya sean youkai o humanos, pueden ayudarlo a salir.
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Un estudiante de cuarto grado, Aoyama-kun, investiga la misteriosa causa detrás de la repentina aparición de pingüinos en su ciudad, que de alguna manera está relacionada con el poder de una joven que trabaja en una clínica dental.
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El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.
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Una bomba ha estallado en la central de Nichiuri TV, símbolo de Osaka. Dentro de las instalaciones, se estaba rodando la final de la Copa Satsuki, de la que se conocería al ganador de Hyakunin Isshu de Japón. La situación es complicada, el edificio se está derrumbando y, en el interior, tan solo quedan el detective juvenil del oeste, Heiji Hattori y su amiga de la infancia, Kazuha Toyama.