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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
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Em Fujiwara, onde os céus brilham e os mares brilham, Sakuta Azusagawa está em seu segundo ano do ensino médio. Seus felizes dias com sua namorada e veterana, Mai Sakurajima, são interrompidos com a aparição de sua primeira paixão, Shoko Makinohara. Por razões desconhecidas, ele encontra duas Shokos: uma no ensino médio e outra que se tornou adulta.
Como Sakuta se vê vivendo desamparado com Shoko, a Shoko adulto o leva pelo nariz, causando uma enorme brecha em seu relacionamento com Mai. Em meio a tudo isso, ele descobre que Shoko, do ensino médio, está sofrendo de uma doença grave e sua cicatriz começa a latejar…
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Natsume tem estado ocupado navegando entre humanos e youkais quando ele coincidentemente se reúne com um velho colega de classe, Yuki. Ele traz de volta memórias dolorosas de um certo youkai. Enquanto isso, Natsume também se familiarizou com Yorie, uma mulher nas memórias de um youkai cujo nome ele havia retornado. Yorie sabia muito sobre Reiko, mas agora vivia uma vida pacífica com seu único filho, Mukuo. Estar com essa família era reconfortante para Natsume, mas aparentemente um misterioso youkai estava à espreita em sua cidade.
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Um aluno da quarta série investiga a misteriosa razão por trás do súbito aparecimento de pingüins em sua aldeia, que de alguma forma está relacionado ao poder de uma jovem que trabalha em uma clínica odontológica.
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Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.
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Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.