Yayoi Ogashiwa

4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。

高校二年生の梓川咲太（声：石川界人）は、空と海が輝く街・藤沢に暮らし、先輩であり恋人でもある桜島麻衣（声：瀬戸麻沙美）と心躍るような日々を過ごしている。しかしそんな日常が初恋の相手・牧ノ原翔子（声：水瀬いのり）の出現により一変。何故か中学生の翔子と大人の翔子との二人が存在しており、咲太はやむなく翔子と一緒に住むことになるが、大人翔子に翻弄され麻衣との関係がぎくしゃくしだす。そんな中、中学生翔子が重い病気にかかっていることが判明。咲太の傷跡が疼きはじめる。

人と妖の間で忙しい毎日を送る夏目は、偶然昔の同級生・結城と再会したことで、妖にまつわる苦い記憶を思い出す。 そんな頃、夏目は、名前を返した妖の記憶に出てきた女性・津村容莉枝と知り合う。 レイコのことを知る彼女は、いまは一人息子の椋雄とともに穏やかに暮らしていた。 彼らとの交流に心が和む夏目。 だが、親子の住む町には謎の妖が潜んでいるらしかった。 そのことを調べに行った帰り、ニャンコ先生の体についてきた"妖の種"が、藤原家の庭先で、一夜のうちに木となって実をつける。 どことなく自分に似た形のその実を食べてしまったニャンコ先生が、なんと3つに分裂してしまう――!?

郊外の町に暮らすちょっと大人びた小学4年生アオヤマ君。その日一日、発見したことをノートに記録し、気になったことは徹底的に研究する彼は、気さくで胸が大きくてミステリアスな歯科医院の“お姉さん”の研究を続けていた。そんなある日、町にペンギンが次々と現われ、どこかへと消える奇妙な事件が起きる。この謎について調査を開始したアオヤマ君は、“お姉さん”が投げたコーラの缶がペンギンに変わる様子を目撃する。

東京サミットの会場を予定していたリゾート施設"エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか？ そして事件の真実とは？

日本の競技かるた界を牽引する皐月会主催の大会“皐月杯”の会見に招待された小五郎とともに、大阪にやって来たコナンたち。だが、会見会場のテレビ局で爆破事件が発生、コナンは崩壊するビルの中に取り残された西の名探偵・服部平次と幼なじみの和葉を辛うじて救出する。コナンと平次が、目的不明で犯行声明もないこの事件に疑問を抱く一方、彼らの前に平次の婚約者だという競技かるたの高校生チャンピオン、紅葉が現われて……。