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Kogoro Mouri recibe una llamada telefónica y un coche estalla delante de sus ojos. Ahora él, junto a su hija Ran y Conan, deberá descifrar un mensaje en clave dejado por el culpable antes de que una siguiente bomba estalle. Las amenazas y juegos del autor de la bomba seguirán hasta que Conan le descubra.
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La historia comienza con una amenaza contra el gobernador de Tokio, pero la rapidez mental de Conan evita que haya víctimas cuando un túnel de metro se derrumba. Conan comprende que puede haber una conexión con un pueblo que fue trasladado para la construcción de una presa, e intenta parar al criminal antes del siguiente ataque
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Algo peligroso es robado de un laboratorio por una misteriosa organización, el grupo terrorista 'El siamés rojo', y amenazan con volver a aparecer en siete días. Mientras tanto, Jirokichi Suzuki acaba de terminar el dirigible más grande del mundo, el 'Bell Tree II', el gran proyecto para poder capturar a su rival, Kaito Kid. Kid responde al reto y los medios están al tanto de esta batalla que tiene como escenario el cielo. En el dirigible viajan el inspector Nakamori, Kogoro, Ran, Conan y la liga juvenil, invitados de Jirokichi, y también algunos reporteros.
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Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.
