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A agência de detetives de Kogoro recebe um telefonema misterioso. Alguém do outro lado avisa sobre uma bomba e deixa para trás um código, "O Menino de Azul e A Zebra Azul, a chuva de cima". Se Conan conseguir decifrar o enigma, ele poderá parar a bomba. Uma aventura começa para Conan e os Detetives Boys, em uma partida de futebol entre Hideo Akagi do Tokyo Spirits e Ryusuke Higo de Big Osaka.
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O governador de Tóquio, Yuichiro Asakura, recebe uma carta ameaçadora um dia antes da inauguração da Linha Touto, uma nova linha de trem para o metrô de Tóquio. Durante a cerimônia de abertura da linha, Conan Edogawa e os Detetive Boys são conduzidos pelo Professor Agasa e passam pela Linha Touto. Conan, tendo ouvido falar da carta ameaçadora, percebe explosivos conectados à ferrovia de Touto; Usando sua voz original para informar a polícia como Shinichi Kudo, ele é capaz de parar o trem e desviar o tráfego dos explosivos, evitando qualquer morte.
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Um grupo terrorista invade um laboratório contendo uma bactéria mortal e destrói o laboratório com uma explosão. Posteriormente, eles anunciaram pela internet que tomaram posse da bactéria e se declararam os Red Siamese Cats, um grupo terrorista que foi erradicado há uma década.
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Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor em perigo, pois Gin e os outros membros da Organização Negra começam a agir.
