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어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고 전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형 참사는 겨우 막지만 축구 경기장의 대형 전광판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다. 그리고 또 다시 도전장과 같은 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!? 축구계 전체를 둘러싼 음모와 위협 속에서 암호를 해독하고 진실을 밝혀라!
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지난 4년 동안 오만불손한 행동으로 도의 행정을 망쳤으니 천벌을 받아 마땅하다! 도지사 앞으로 익명의 협박 편지가 도착하고 그 후 대도심 한 복판에서의 폭탄 테러가 발생한다! 코난의 기지로 폭파 15초를 남겨두고 대참사를 막게 된다. 이 사건으로 인해 코난은 더 큰 참사가 발생할 것이라는 것을 예견하고 도지사 참석 예정인, 이전 5주년 기념식이 준비 되고 있는 북촌 마을을 찾아간다. 그 곳에서 만난 8년 만에 모인 북촌 마을 동창생 5명, 그들이 서로 얽혀있는 8년 전 뺑소니 교통 사고 등 수상한 과거의 사건들을 되짚어 가는 도중에 수수께끼 같은 설원 속 살인 사건이 발생한다. 범인을 밝혀내기도 전에 북촌댐 폭파 테러라는 또 다른 위기가 찾아오고, 코난은 다시 한 번 대 참사의 위기에 맞서게 되는데…
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명쾌한 추리와 시원한 액션으로 사건을 해결했던 코난. 이번에는 세계 최대 비행선에서 벌어지는 사건에 휘말리게 된다. 살인 박테리아로 위협하는 테러리스트 조직 ‘붉은 샴고양이’. 보석을 훔치며 코난과 두뇌대결을 펼치는 ‘괴도키드’. ‘붉은 샴고양이’가 진짜 노리는 것은? ‘괴도키드’가 훔치는 것은 보석? 아니면 미란이의 마음? 스릴 넘치는 액션과 반전이 거듭되는 운명의 삼각대결!
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도쿄를 중심으로 6건의 살인사건이 발생했다. 피해자들 옆에는 알파벳이 새겨진 6개의 마작패만이 남겨져 있다. 그리고 마지막 희생자가 남긴 한마디 “칠석, 교!” 사건의 진실을 밝히고 범인을 잡기 위한 특별 수사회의가 열리고 유명한 탐정과 코난은 수사회의에 참석하여 사건의 전모를 듣게 된다. 그러나 성별도, 직업도, 사는 곳도 다른 이들 6명의 피해자에게는 그 어떤 공통점도 없다! 사건은 해결의 실마리를 찾지 못하고 점점 미궁 속으로 빠져든다.