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Gracias a la Fuerza Marítima se celebra una visita a la nave Aegis en el puerto de Kyoto. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan de un viaje con la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver es de uno de los oficiales de la marina! Conan descubre que está a bordo el espía 'X'. ¿Quién es? ¿Cuál es su relación con el barco? ¡Dentro del basrco se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Hace 15 años el carguero 'Yashiromaru I' se hundió al norte del Océano Atlántico tras chocar contra un iceberg. El trágico accidente provocó conmoción en su tiempo. Conan y compañía resultan invitados al viaje inaugural del Aphrodite, un nuevo crucero de lujo que recorrerá el Pacífico. Una serie de asesinatos convierte el viaje en una pesadilla que aterroriza a los tripulantes por lo que Conan y sus amigos deberán frenar y resolver la situación.
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Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?
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Conan es invitado junto con sus amigos a una fiesta donde se está presentando un nuevo videojuego de realidad virtual. Pero durante la presentación sucede un asesinato y por si fuera poco parece ser que los niños se quedan atrapados en el juego. Así pues, Conan se verá obligado a ir dentro del juego para averiguar quien ha sido el asesino con la ayuda del famoso personaje Sherlock Holmes y también para rescatar las vidas de los niños.
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Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él. (FILMAFFINITY)
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En esta ocasión un oficial de policía es asesinado delante de la Liga Juvenil de Detectives y se van sucediendo nuevos homicidios en serie a oficiales de policía. Como prueba, los dos oficiales asesinados aparecieron muertos llevando sus cuadernos de policía. Conan se encarga de este caso junto a Kogoro, ambos intentan conseguir detalles preguntando al inspector de policía, pero éste, que siempre ha colaborado, en esta ocasión rehuye contar nada sobre el caso y termina diciéndoles: 'eso no importa'. Esta frase es muy conocida entre las fuerzas de la policía porque se utiliza siempre que en un caso está envuelto personal de policía. ¿Podría ser éste un crimen perfecto?
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Nuestro héroe encuentra finalmente su alma gemela: el misterioso ladrón Kaito Kid. Afrontando el reto de Kid; Conan y su amigo Heiji intentan proteger el último tesoro de la Dinastía rusa de los Romanov, los Huevos Imperiales de Pascua. Sin embargo, Kid, con su fantástica técnica para el robo los hace confundir y consigue robar el 'Huevo de la Memoria'. Mientras Kid se aleja en su artefacto, de repente un asesino en serie interrumpe su huida, le persigue y consigue derribarlo. Kid desaparece como por arte de magia quedando sólo su paloma blanca y el Huevo de la Memoria. Ahora el tesoro está en manos del traidor. Una mujer, la legítima heredera del preciado objeto, cuenta a Conan y sus amigos el secreto de la historia de su familia, que les pone sobre la pista de un misterio con la Revolución Rusa como trasfondo.
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La historia tiene lugar en un restaurante submarino llamado 'Aqua Crystal' que se asemeja a una base espacial futurista. Los invitados que se han dado cita en el restaurante desconocen que su vida está en peligro y que están amenazados por un loco asesino en serie. Este psicópata asesino cumple sus planes de forma impecable y ordenada. Después de cada asesinato deja, a propósito, una carta cuyo número siempre coincide con el nombre de la víctima.
