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O filme se passa em um navio Aegis de última geração, com a cooperação total do Ministério da Defesa e da Força de Autodefesa Marítima da vida real do Japão. O cadáver de um membro da Força de Autodefesa foi encontrado - sem o braço esquerdo - e um espião se infiltrou na nave Aegis. A heroína Ran é colocada em perigo e Conan é forçado a enfrentar o perigoso Spy "X".
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Sinopse Kogoro e Conan vieram a Yokohama de acordo com um pedido de um homem misterioso. Mas essa era uma armadilha desse homem. Ran e os Detetive Boys serão feitos reféns. Se não resolverem o pedido do homem em 12 horas, as bombas presas aos reféns explodirão. Além disso, o homem sabe que a verdadeira identidade de Conan é Kudo Shinichi. Também Hattori Heiji, o detetive do colégio do oeste, e Kaito Kid entram no palco. Eles serão capazes de resolver o mistério dentro do limite de tempo e salvar Ran e os outros? E quem no mundo é o cliente?
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Há 15 anos, o Daiichi Yachiyo Maru, um navio de carga, colidiu com um grande iceberg no norte do Oceano Pacífico e afundou. O capitão e uma tripulação morreram. Agora, em Nishitama, um projetista de navios da Yatsushiro Shipbuilder, que pertencia à Yatsushiro Financial Combine, sofreu um ataque súbito de cervo enquanto dirigia e morreu em um acidente de trânsito. Seis meses se passaram desde então. Conan, Ran e Kogoro estão curtindo sua viagem em Afrodite. O Afrodite é um transatlântico de luxo e está navegando para o Oceano Pacífico como sua viagem inaugural. No entanto, existe uma pessoa suspeita e, finalmente, ocorre um assassinato. É o início de uma trama horrível ocorrida no oceano, de onde não há lugar para onde escapar.
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Kaito Kid ataca novamente nesta nova edição anual dos filmes Detetive Conan. Uma atriz pediu a Mouri Kogoro para proteger uma joia preciosa dela que Kid jurou roubar. No dia do roubo, Kaito Kid se vestiu de Shinichi e combinou com Conan, e acabou fugindo. Para agradecê-los, a atriz convidou Kogoro e família e amigos para Sapporo, mas um esquema maior, e uma grande emergência está prestes a se desenrolar bem acima das nuvens no avião que eles estão tomando ...
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Conan e seus amigos foram convidados para a estreia de um novo jogo de computador virtual. Mas alguém programou o jogo, se eles não pudessem responder ao enigma do jogo, todos teriam que morrer.
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A cerimônia de abertura do novo edifício das Torres Gêmeas na cidade de Nishitamashi está prestes a acontecer. Com 75 andares, as torres parecem chegar aos céus quando vistas de baixo. Conan e os outros veem as torres a caminho de um acampamento e decidem parar. Eles logo se encontram com Ran, Sonoko e Kogorou, coincidentemente.
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Policias de Tóquio estão a ser assassinados por um agressor desconhecido. Quando Ran testemunha um atentado contra a vida de um dos seus amigos da polícia, ela perde a memória. Agora, Conan e o inspetor Megure devem encontrar o assassino enquanto Ran tenta recuperar a sua memória perdida.
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Suzuki Zaibatsu encontrou o 51º Ovo de Páscoa feito pela joalheria russa em fevereiro. Kaido Kido enviou à polícia uma carta de advertência de que ele roubaria o ovo que Suzuki mostraria 4 dias depois. Kaido Kido (quando) consegue roubar ovo na hora em que todos estão lá fora.
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Recentemente, uma série de ataques está ocorrendo contra diversas pessoas sem aparente conexão umas com as outras. Logo, Kogoro Mori descobre que ele é, de alguma forma, a chave para esses crimes. Assim, Conan deve mais uma vez usar seus poderes de dedução e dar um fim a essa loucura.
