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이지스함에 스파이 잠입 ! 란에게 닥치는 마수 ! 매우 위험한 긴급 미션 ! 타겟은 일본 전토 ! 아침 노을의 바다에 떠오르는 , 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배 . 그 배가 모든 것의 시작이었다 . 교토 마이즈루항 . 해상자위대에 의한 , 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다 . 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란, 코고로, 그리고 소년 탐정단. 그러나 갑자기 , 굉음이 울려 퍼지고 , 함내에 불쾌한 공기가 감돈다 . 이윽고 얼마 지나지 않아 , 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다 ! 그것도 , 무려 자위대원의 시체였다 ! 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다 . 수사에 나선 코난은 , 함내에 모국의 스파이 " X " 가 탐승한 것을 알게 된다 ....... 이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은 , 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다 .
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수수께끼의 의뢰인으로부터 초대받아 초대형 테마파크 미라클 랜드를 방문한 코난 일행. 의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 코난과 유명한 탐정뿐만 아니라 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 찬 미라클 랜드 프리패스 ID에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다. 부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어있다는 사실을 알게 된다. 시시각각으로 제한시간인 밤 10시는 다가오고, 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격이 계속되는데…
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코난과 유명한 탐정 일행은 보라의 초대로 초호화 유람선 아프로디테호의 처녀 항해에 함께하게 된다. 그러나 유람선 안에서 보라는 의문의 괴한에게 공격당하고, 이는 또다른 살인 사건으로 이어진다. 연이은 범인의 음모로 아프로디테호의 승객과 승무원들은 패닉에 빠지고, 미란에게도 최악의 위기가 닥치는데...
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유명 여배우 연주리에게 괴도 키드로부터 의문의 암호와 함께 ‘운명의 보석’이라 불리는 스타 사파이어를 가지고 가겠다는 예고장이 날아든다. 코난 일행은 괴도 키드를 잡기 위해 그녀가 주연을 맡고 있는 공연장을 지키지만, 아쉽게도 놓쳐버린다. 연주리는 무사히 보석을 지켜준 답례로 코난 일행을 자신의 별장으로 초대하고, 모두 함께 탄 비행기 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 만다. 여기에 기장과 부기장도 의식 불명에 빠지면서, 조종사를 잃는 절체절명의 위기가 닥치는데… 과연 모두의 운명은 어떻게 될 것인가? 괴도키드가 진짜 노리는 것은?!
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IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……
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일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...
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란은 신이치와 트로피컬 랜드에서 함께 보냈던 즐거운 한 때를 회상하고 있던 중 코난의 전화를 받는다. 코난에게 다시 한 번 그곳에 놀러가자고 말하지만 코난은 하필 그날 작아진 탓에 그 부탁을 들어줄 수가 없어 마음이 무겁다. 친구들과 함께 시간을 보내고 있던 코난은 근처에서 발생한 형사 저격사건을 목격하게 된다. 코난이 형사에게 범인에 관해 묻지만 형사는 오른손으로 가슴을 움켜쥐고서 숨을 거두고 마는데...
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세기말 최후의 비밀 보석인 '에그'가 51번째로 일본에서 발견되자 괴도 키드가 이를 노린다는 사실이 전해진다. 에그의 주인인 스즈키 소노코는 에그를 박물관에 전시하려고 하지만 키드가 침입할 것을 두려워하여 코난 일행과 명탐정 헤이지의 도움을 받기로 한다. 코난과 헤이지는 함께 키드를 잡으려 하지만, 키드는 어느새 에그를 훔쳐 달아난다. 자신을 뒤쫓는 사람들을 따돌린 채 유유히 오사카에 도착한 키드, 그러나 그곳에는 그를 노리는 다른 사람이 있었는데...
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메구레 주죠 경감, 모리 코고로의 별거 중인 아내 에리, 아가사 박사까지 탐정 모리 코고로의 주변 인물들이 하나 둘 공격을 받는다. 사건을 지켜보던 코난은 범인이 트럼프 카드의 숫자 순서를 따라 범행을 저지른다는 사실을 알아채는데...
