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La película tiene lugar un año después de los acontecimientos de la serie de anime. Después de pasar por un camino arduo a través de múltiples líneas de tiempo debido a la invención de los "D-Mails", es decir, los mensajes de texto que se pueden enviar al pasado, Rintaro Okabe ha aterrizado, según las informaciones de la "Steins Gate", en una línea de tiempo en la que ninguno de sus amigos tendrían que morir y en la que no existe un futuro gobernado por SERN debido a que no se produjo la invención de una máquina del tiempo. Sin embargo, Okabe pronto comienza a sentir los efectos secundarios de los constantes viajes a través del tiempo por múltiples líneas de tiempo, que pronto se acumula y ocasiona que Okabe desaparezca de repente de la existencia, con sólo Kurisu Makise, la chica que él había salvado gracias a sus esfuerzos, recordándolo a través de un déjà vu. Ahora es el turno de Kurisu para encontrar una manera de conseguir que Okabe regrese a la línea de tiempo.
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Él "INFIERNO" es el lugar donde una persona que cometió crímenes violentos cuando estaba viva, es enviada. Los "Shinigamis" tienen prohibido ir a ese lugar. Un día, los prisioneros (pecadores) se revelan, y deciden escapar a la Ciudad de Karakura donde Ichigo Kurosaki y sus amigos viven. Ichigo y sus amigos son derrotados uno tras otro por los prisioneros con un abrumador poder. Aparece un hombre misterioso llamado Kokutto quien viene a su rescate, sin embargo los atacantes terminan llevándose a Yuzu sin dar oportunidad a que ichigo y su equipo puedan reaccionar. Con Kokutoo dirijiendo el camino, Ichigo, Rukia, Uryuu y Renji marchan al INFIERNO para salvar a Yuzu de los que se la llevaron.
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En Tracia, el dios Hades separa a Arion de su madre Deméter. En el inframundo, Arion se prepara para ser un gran guerrero y poder vengarse de Zeus, que es el responsable de la ceguera de su madre. Según la leyenda, sólo la muerte de Zeus romperá la maldición. Arion se hace amigo de Geedo, un enorme simio, y juntos abandonan los Infiernos para buscar a Zeus. La ladrona Seneca se une a ellos. En su primer enfrentamiento con las fuerzas de Zeus, encabezadas por su hija Atenea, Arion cae prisionero, pero después es liberado por Lesfeena, la sierva muda de Atenea. Cuando Arion vuelve a reunirse con sus amigos, las fuerzas de Zeus se enfrentan a las de Poseidón. Los responsables son Hades y el tranquilo Apolo.