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シュタインズゲートに到達してから1年後、まゆりも紅莉栖も死なない世界で、岡部は別の世界線では敵だった天王寺や萌郁とも良好な関係を築き、平穏ながらも幸せな日々を満喫していた。そんな中、アメリカの研究所にいた紅莉栖が、仕事を理由に1年ぶり秋葉原へと帰って来る。久しぶりの再会に喜びを分かち合う中、岡部は激しい頭痛に襲われ、次々に脳裏に浮かぶ別の世界線での記憶によって頭をかき乱される。 岡部は、過去の数限りない歴史改変とリーディングシュタイナー発動の代償として、R世界線にとばされることになる。時間跳躍のもたらす苦悩を知り抜いていた岡部は、過去改変を厳しく禁じていた。しかし、ダルやまゆりですら岡部の存在を忘れ、さらに紅莉栖自身も彼の記憶が薄れてしまった世界線で、紅莉栖は「何かこの世界に足りないもの」を取り戻すために、タイムリープに挑む。
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現世で大罪を犯した者が送られ、死神さえも近づけない禁断の場所、地獄。ある時、そこに囚われている凶悪な咎人(とがびと)たちが反乱を起こし、一護たちの住む空座町(からくらちょう)を襲う。咎人たちの圧倒的な力の前に窮地に陥る一護たち。その時、謎の男コクトーが助っ人に現われる。しかし、このままでは世界崩壊、人類滅亡の危機。そこで一護は、ルキア、雨竜、恋次、そしてコクトーと共に、自ら危険な地獄へと乗り込み、咎人たちを相手に決死の闘いを繰り広げる。
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昔、神と人が分たれる以前、地上界を末弟ゼウスが、海を次男ポセイドンが、地底界を長兄ハデスが王として統治し、憎み争っていたティターン一族。
ハデスは、まだ幼い甥のアリオンを鍛え、ゼウスを倒そうと企んでいた。
たくましい戦士へと成長したアリオンはオリンポスへと向かうが、その旅の途上には過酷な闘いと、美しい少女レスフィーナとの出逢いが待っていた・・・・・・。