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O filme se passa um ano depois dos eventos na série de TV. Depois de passar por uma jornada meticulosa através de várias “Linhas de Mundo” devido à invenção do “D-Mail”, Okabe Rintarou finalmente chegou à linha de mundo de “Steins Gate”, onde nenhum de seus amigos morreram e o futuro dominado pela SERN não existe. No entanto, logo Rintarou começa a sentir os efeitos colaterais de suas viagens através de várias linhas de mundo, e isso leva ao desaparecimento de sua existência. Como apenas Makise Kurisu se lembra dele através de um déjà vu, cabe à ela encontrar uma maneira de trazer Rintarou de volta.
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Os Pecadores do Inferno… Pessoas que cometeram graves crimes em vida e agora sofrem eternamente no submundo. Estes Pecadores pretendem usar o poder da forma Hollow de Kurosaki Ichigo para tentarem acabar com seu aprisionamento. E para atrair Ichigo ao Inferno, farão de tudo, até mesmo sequestrar Yuzu, a irmã do Shinigami. Do outro lado, está Kokutou, um outro Pecador, mas que, diferente dos outros, parece simpatizar com Ichigo e o ajudará no resgate de sua irmã, em sua trajetória às profundezas do Inferno!
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O pequeno Arion vivia com sua mãe na Trácia, foi criado sem saber de sua natureza divina, pois é filho de Poseidon. Um certo dia, foi raptado por seu tio Hades e depois criado e treinado no submundo para se tornar um imbatível guerreiro e desafiar os Titãs. Já jovem consegue sair do submundo e então inicia sua luta épica contra os Titãs, descobre sua natureza e sua verdadeira origem, encontra fiéis amigos e conhece o amor.
