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のび太、しずか、ドラえもんたちが出会った鳥人の少年グースケ。鳥人の世界バードピアから人間界に迷い込んだという。 グースケ自作の人力飛行機スノーグース号を一緒に修理し、グースケのテストフライトを見守っていたのび太たち。だが、グースケの墜落現場をソフトクリーム(漫画ではポテトチップ)を食べながら見ていたジャイアン、スネ夫がその時目撃する。2人はスノーグース号につかまり、そのまま謎の穴に3人を追ってバードピアへやって来たのび太たちは、ドラえもんのひみつ道具「バードキャップ」で鳥人となり、人間界の鳥類を保護する「渡り鳥パトロール隊」の入隊テスト「イカロスレース」に挑むこととなる。グースケもスノーグース号でレースに挑む。 だがその影では、人類を憎悪する鳥人たちが、人間界侵攻のために古代の怪物フェニキアを蘇らせようとしていた。のび太やグースケたちはバードピアを救うため、伝説の勇者「イカロス」と共にフェニキアに立ち向かう。
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ドラえもんとのび太はひみつ道具の「絵本入りこみぐつ」で絵本の中に入り『シンドバッドの冒険』を楽しんでいた。のび太は最近、絵本の世界に夢中になっており、彼女なら共感してくれるであろうとしずかを誘おうとする。だが、彼女は今からピアノ教室の仲間とキャンプの予定。代わりに割り入ったのはジャイアンとスネ夫だった。彼らはのび太から絵本の世界で遊ぶと知るや大笑い。それでも、機嫌を損ね激昂するのび太を見るや、半信半疑で絵本の世界に飛び込んだ。 そんな彼らと入れ代わり、しずかがのび太の家を訪れる。実は日程を一日勘違いしていたらしく、それならと二人は『ピノッキオ』の世界を楽しむことにした。だが、どうも事情がおかしい。物語にない嵐の場面が登場したかと思えば、人魚姫や竜宮城が現れ、果てはお化けの百鬼夜行。あまりに荒唐無稽な世界にのび太は大笑いするが、イメージが崩れたとしずかは不機嫌になって帰ろうとする。ところがその矢先、彼女は何かに衝突した。 奇っ怪な物語は、絵本を勝手にない交ぜにしたスネ夫たちの仕業だったのだが、のび太はそれを知る由もない。絵本の良さを理解してくれない友人たちに、のび太もすっかり機嫌を損ね、バラバラになった絵本を置き去りにしたまま、ママの小言もあって勉強を始めた。だが、それが事件の発端だった。
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上杉家の双子の兄弟・達也と和也。二人は幼なじみの少女・浅倉南とともに明青学園高等部に進学した。恋する南のため、野球部で必死に奮闘する努力型の天才・和也。だが南の秘めた気持ちは、周囲には凡才と評される達也の方にこそ実はあった。そんな二人の心情を知ってか、微妙に南との距離を置く達也。一方、和也は懸命に甲子園目指して勝ち進み、ついに地区予選の決勝を迎えるが…。
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ノアの方舟が陸地を見つけられなかったもう1つの世界。巨大な眼球を模し、中に複数の人型の彫像が鎮座する宗教の象徴のような機械仕掛けの太陽が海に沈み、世界は夜を迎える。 方舟の中の動物がすべて化石になった頃、忘れ去られた街で一人の少年と一人の少女が出会う。