테러의 위험에 계속해서 노출되고 있는 미국은 그 공포에 대항하기 위해 철저한 정보 관리 시스템을 구축하고 있다. 한편, 미국 이외의 세계 각지에서는 분쟁의 격화게 계속되고 있다. 세계의 분쟁지를 돌아다니는 미군 특수부대 클라비스 셰퍼드 대위에게 수수께기로 둘러 쌓인 미국인 추적 미션이 떨어진다. 그 남자 “존 폴”은 분쟁의 전조와 함께 나타나, 그 분쟁이 난장판이 되면 갑자기 모습을 감춘다. 과거에 유능한 언어학자였던 그가 그 지역에서 무엇을 하고 있었던 것일까. 미국정부의 추적을 피하고 그가 세우고 있었던 것은…? 존이 체코에 잠입했다고 하는 정보를 바탕으로 클라비스는 추적행동을 개시. 체코에는 과거 존과 관계가 있던 여성 루치아가 있다. 이라고 불리우는 존의 목적은 도대체 무엇인가… 클라비스는 존에게 놀라운 진실을 듣게 된다.
루팡, 지겐, 고에몬 3명은 독일에 침투해 과거 일본이 나치 독일과 동맹을 맺고 있던 당시 우호의 증거로 아돌프 히틀러에게 제공된 "지옥 여래상"을 훔치는 계획을 실행. 대규모 경비를 아랑곳하지 않고 상을 훔쳐 제니가타의 추적에서 벗어나려고 하던 중에 불상을 노리는 모르가나 전투 헬기에 습격을 당한다. 헬기의 미사일 공격으로부터 루팡은 간신히 도망치는 것에 성공하지만 제니가타 경부는 폭염에 휘말려 버리고 연기 속에서는 그의 트레이드 마크인 모자만 굴러 나오게 된다. 나중에 제니가타 경부의 장례식이 조용하게 진행되는 가운데 루팡 일당은 자신들 만의 방법으로 제니가타 형사의 명복을 빌고서 다시 움직이기 시작한다. 지옥 여래상은 본래의 목표에 이르는 열쇠 중 하나에 지나지 않았던 것이다. 한편 인터폴의 여성 수사관이면서 풍마 닌자의 혈통을 이어가는 카구라 아스카도 자신의 목적을 달성하기 위해 움직이기 시작한다.
