A guerra contra o terror explodiu, literalmente, no dia em que Sarajevo foi destruída por um dispositivo nuclear caseiro. As principais democracias transformaram-se em estados de vigilância total e o mundo em desenvolvimento se afogou sob uma onda de genocídios. O misterioso americano John Paul parece estar por trás do colapso do sistema mundial e cabe ao agente de inteligência Clavis Shepherd acompanhar John Paul através dos destroços das civilizações e encontrar o verdadeiro coração das trevas – um órgão genocida.
Lupin começa seu assalto para roubar um tesouro cultural japonês recém-descoberto que está sendo transportado para a Alemanha. Durante sua tentativa de roubar o tesouro, no entanto, ele testemunhou a suposta "morte" do sempre ambicioso Zenigata, um plano traçado por um clã ninja que também está atrás do tesouro. Lupin e seus amigos podem impedir o clã ninja de obter o que procuram?
