에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!
하늘과 바다가 반짝이는 마을 "후지사와"에 사는 고등학생 아즈사가와 사쿠타는 같은 학교 선배이자 연인인 사쿠라지마 마이와 설레는 일상을 보내고 있다. 하지만 어느 날 첫사랑인 마키노하라 쇼코가 등장하면서 그 일상은 완전히 뒤바뀌어 버린다. 알 수 없는 이유로 '중학생'과 '어른', 두 명이 존재하는 쇼코와 부득이한 동거를 하면서 사쿠타와 마이의 관계가 삐걱거리기 시작한다. 그러던 중 '중학생 쇼코'가 위중한 병을 앓고 있다는 것을 알고 사쿠타의 가슴 흉터는 다시 벌어지는데...
아사히가오카 분교의 전교생은 단 5명. 학년도 성격도 모두 다르지만, 항상 같은 교실에서 사계절을 함께하며 여유로운 시골 라이프를 즐기고 있다. 어느 날 백화점 이벤트에서 특상에 당첨되어 오키나와 여행권을 받게 된 아사히가오카 분교생들. 여름방학이 끝나기 전, 다 같이 모여 부푼 마음을 안고 오키나와로 떠나는데...
평범한 고교생 사카이 유지의 일상은 어느날 돌연 소멸한다. 이계에서 건너 온 `사람의 존재를 빨간색으로 바꾸고 잡아먹는 괴물 홍세의 무리`에게 당한 유지는 망연자실한 채 있다. 그런 그를 구한 것은 빨간 머리와 눈을 가진 의문의 소녀였다. 그리고 그 소녀는 유지에게 말한다. `넌 이미 존재하지 않아`라고... 샤나라는 그 소녀는 `토치(망자)가 된 그의 안에 깃든 보구를 감시하기 위해 온자키시에 머무르게 된다. 그리고 둘은 그를 토치로 바꾼 원흉, 그 마을에 잠입한 홍세의 왕 헌터 프리아그네와 대결한다.
평범한 고교생 사카이 유지의 일상은 어느날 돌연 소멸한다. 이계에서 건너 온 `사람의 존재를 빨간색으로 바꾸고 잡아먹는 괴물 홍세의 무리`에게 당한 유지는 망연자실한 채 있다. 그런 그를 구한 것은 빨간 머리와 눈을 가진 의문의 소녀였다. 그리고 그 소녀는 유지에게 말한다. `넌 이미 존재하지 않아`라고... 샤나라는 그 소녀는 `토치(망자)가 된 그의 안에 깃든 보구를 감시하기 위해 온자키시에 머무르게 된다. 그리고 둘은 그를 토치로 바꾼 원흉, 그 마을에 잠입한 홍세의 왕 헌터 프리아그네와 대결한다.
