Em Tohsaka e Luviagelita, “Luvia” Edelfelt têm a tarefa de encontrar as sete “cartas de classe”, lendários artefatos medievais que contêm a essência vital dos espíritos heróicos. Para ajudá-los, eles recebem o poder de Ruby e Sapphire, dois Kaleidosticks poderosos e inteligentes que são capazes de se transformar em garotas mágicas e aumentar muito seus poderes. No entanto, Rin e Luvia se encontram em más condições, levando os Kaleidosticks a abandoná-los e buscar novos professores. É quando eles conhecem duas garotas, Illyasviel von Einzbern e Miyu, e as convencem a fazer um contrato. Com novos poderes e responsabilidades, Illya e Miyu agora terão que procurar as “Cartas de Classe”.
Em Fujiwara, onde os céus brilham e os mares brilham, Sakuta Azusagawa está em seu segundo ano do ensino médio. Seus felizes dias com sua namorada e veterana, Mai Sakurajima, são interrompidos com a aparição de sua primeira paixão, Shoko Makinohara. Por razões desconhecidas, ele encontra duas Shokos: uma no ensino médio e outra que se tornou adulta.
Como Sakuta se vê vivendo desamparado com Shoko, a Shoko adulto o leva pelo nariz, causando uma enorme brecha em seu relacionamento com Mai. Em meio a tudo isso, ele descobre que Shoko, do ensino médio, está sofrendo de uma doença grave e sua cicatriz começa a latejar…
As férias de verão estão chegando ao fim. Suguru ganha uma viagem gratuita para Okinawa, e todos os cinco alunos da escola secundária Asahigaoka estão animados para terminar suas férias se divertindo. Junto com Hikage, Konomi sua professora e a dona da loja de doces, todos vão para Okinawa ter uma divertida viagem de três dias. Chegando lá, Natsumi faz amizade com Aoi, a garota que ajuda no hotel que elas ficam.
