옛날, 발리안테라는 나라에서 대규모 마녀사냥이 실행되었다. 하지만 그 실태는 사람들을 보호해온 마계기사와 마계법사들을 제거하여 실권을 장악하려는 것이며, 국왕의 측근 멘도사에 의한 쿠데타였다. 시간은 흘러, 한 소년 레온이 발리안테 왕국에 도착. 레온이야말로 잃어버린 오랜 전설의 마계기사 황금기사 가로의 칭호를 받아 이어가는 운명의 사람. 레온은 마녀사냥의 시기에 흘러 화형에 처해지면서 어머니에게 낳아진 불의 기억이 소리없이 조용히 불타고 있다. 그와 동시에 또 다른 한 사람, 결의를 품에 안은 소년 알폰소가 등장. 옛날 어머니와 같이 발리안테를 몰래 탈출해 유랑한 왕자인 알폰소는 멘도사로부터 나라를 빼앗으려 남은 희망인 빛의 기사를 찾아왔다. 운명에 놀림받은 2명의 기사가 숙명의 나라에서 만날 때, 이야기는 조용히 시작된다.
학원도시제 우주 엘리베이터 '엔듀미온'의 완성을 눈앞에 둔 어느 날, 카미조 토우마와 인덱스는 무능력자인 소녀 아리사를 만나 친하게 지낸다. 아름다운 목소리를 지닌 그녀는 데뷔를 꿈꾸며 길거리 라이브를 하며 지낸다. 그녀는 자신의 노래가 엔듀미온 개통 캠페인 이미지 송으로 채택된 것을 알게 된다. 하지만 기쁨도 잠시 마술 사이드에서 그녀를 노린다. 그녀의 존재는 마술 사이드와 과학 사이드간의 전쟁의 발단이 된다. 파국으로 치닫는 가운데 토우마와 인덱스가 아리사를 지키기 위해 나서는데...
루팡은 어느 저택에서 전리품을 챙기려다가 제니가타 형사와 추격전을 펼치게 되던 도중 암살자 집단과 마주하게 된다. 결국 자신의 목전에서 누군가 겨눈 총구에 제니가타 경부가 치명적인 총상을 입자 무언가 위협적인 위험을 인지한 루팡은 타란치아의 독거미가 많이 서식하는 암살자의 섬으로 일행을 끌고 간다. 거기서 만난 엘렌 등의 도움을 받아 고르도의 꿍꿍이를 알게 되고 문제를 해결하기 위해서 보머와 잭의 도움을 받기로 하는데...
