Leon, que conseguiu suceder o nome do cavaleiro dourado "GARO", dedica-se à formação de um jovem Ccavaleiro Makai para a próxima geração, juntamente com o príncipe Alfonso do reino Valiante. Eles então recebem uma ordem para exterminar a mais bela Horror no mundo que reside em um país vizinho "Vazelia". Ao mesmo tempo, um jovem cavaleiro Makai é sequestrado por uma pessoa desconhecida. Leon segue desesperadamente seu rastro, apenas para descobrir que ele está cercado por seus inimigos em um beco sem saída. Em seguida, o cavaleiro Makai Dario que supunha-se estar a desaparecido por algum tempo, de repente aparece e o resgata. Sob a sua orientação, Leon é levado para a cidade onde ele se encontra com uma pessoa totalmente inesperada.
Pouco antes da conclusão do elevador espacial "Endymion" da Cidade Acadêmica. Kamijou Touma e Index encontram uma garota nível 0 chamada Arisa. Os magos estão atrás de Arisa, e atacam a Cidade Acadêmica. A líder chamada Shattouaura lidera uma unidade da Cidade Acadêmica para contra-atacar, Kamijou e Index descobrem de Stiyl que Arisa é a chave para infusão de uma guerra entre os lados da magia e da ciência. Quando a ciência cruza seus caminhos com a magia, a história começa com Endymion como palco!
Lupin investiga a notícia de uma versão falsa de um de seus cartões de visita durante uma festa de alta classe. Um grupo de assassinos, o Tarantula, invade a festa e mata o anfitrião. Zenigata, investigando o cartão, persegue Lupin, mas acaba baleado e ferido por uma prata Walther P38. Lupin, vislumbrando a arma familiar, está determinado a vingar não apenas Zenigata, mas um episódio de seu passado.
