Although she's only sixteen and looks even younger, Misao Makimachi is already a skilled and competent member of the Oniwabanshu ninja clan. That's fortunate for Misao, because her onimitsu talents may be all that keeps her alive when a journey in search of the leader of the clan, Aoshi Shinomori, leads her instead into a face-to-face encounter with an even more dangerous man and a plot to overthrow the Meiji government! Quickly enmeshed in the affairs of the legendary assassin Hitokiri Battosai, now known as Kenshin Himura, wielder of the reverse-blade sword, Misao finds herself pulled into the middle of a deadly intrigue against Makoto Shishio, who is orchestrating the conquest of all Japan - beginning with Kyoto!
청일 전쟁에 참여하게 된 카오루에게 꼭 돌아오겠다는 약속을 남기지만, 전쟁이 끝나고 돌아오지 않는다. 카오루는 켄신의 아들인 켄지를 키우며 그를 기다리고, 켄지는 켄신의 스승을 찾아간다. 한편 사노스케는 우여곡절 끝에 켄신을 찾아내지만 켄신은 기억을 잃은 상태였다. 야히꼬는 그런 켄신에게 역날검을 쥐어주고, 결국 켄신은 일본으로 돌아간다. 카오루와의 추억이 깃든 장소에 도착한 켄신은 그 곳에서 우연히 카오루와 재회하게 되는데...
요코하마로 간 켄신 일행은 새로운 변화를 겪고 있는 풍경을 구경한다. 그러나 곧 그들은 영국군의 행패를 참지 못하고 싸움을 벌이고 있던 시구레 타키미라는 검객을 만나고, 검객은 켄신의 역날검을 유심히 지켜본다. 하지만 사이토 하지메는 켄신에게 시구레를 조심하라는 말을 남긴다. 한편 시구레는 영국의 국빈을 암살하기 위한 음모를 꾸미고 있었는데...
20세기 마지막 올림픽에서 상상을 초월하는 세계 기록이 쏟아지며 초인류 라는 새로운 명칭을 부여 받은 선수들이 탄생하게 된다.그러나 사실은 한 제약회사에서 개발중인 약물을 투여함으로써 초인간적인 힘을 발휘한 것이다.실험에 성공하는 듯 하였으나 이내 이러한 초인류들이 하나 둘씩 병에 걸려 죽어가고, 급기야 이들을 치료하기 위해 블랙잭을 고용하게 된다.블랙잭은 이들의 음모를 하나 둘씩 파헤치기 시작하고, 드디어 전모를 밝혀내지만 사막에서 블잭잭 역시 이 병에 감염되고 마는데..
