Contada a partir da perspectiva de Makimachi Misao, está releitura suplente do arco de Kyoto narra as aventuras de espadachim errante Kenshin Himura e sua busca em colocar um ponto final no maldoso Shishio Makoto e seu plano de assumir o Japão.
Embora tenha apenas dezesseis anos e parecer ainda mais jovem, Misao Makimachi já é uma habilidosa e competente membro do clã ninja Oniwabanshu. Isso é uma sorte para Misao, porque seus talentos onimitsu podem ser tudo o que a mantém viva quando uma jornada em busca do líder do clã, Aoshi Shinomori, leva ela a um encontro cara-a-cara com um homem ainda mais perigoso e uma conspiração para derrubar o governo Meiji! Rapidamente se envolve nos assuntos do assassino lendário Battosai, o retalhador, agora conhecido como Kenshin Himura, portador da espada de lâmina invertida, Misao encontra-se metida no meio de uma intriga mortal contra Makoto Shishio, que está orquestrando a conquista de todo o Japão - começando com Quioto!
Kenshin and Kaoru are married. Kenshin leaves Kaoru with their son, Kenji, to lead a revolution in China. But both of them suffer from a seemingly incurable disease. 15 years later, Kenshin tries to return home to his wife before she dies of grief. Flashbacks of Kenshin's previous encounters with friends and foes occur while Kenshin struggles to make it back home.
Kenshin se mete em uma briga de marinheiros para ajudar uma garota e conhece Shigure Takimi, e aqui tem início sua nova aventura. Kenshin e seus amigos tentam devolver a sanidade a um homem amargurado pela perda de um grande amigo, Gentatsu, que foi assassinado pelo lendário Hitokiri Battousai.
Shigure só pensa em honrar os companheiros que morreram tentando derrubar o corrompido governo Meiji, e parece não se importar em sacrificar os jovens que o seguem, na tentativa de assassinar um emissário do governo inglês, para causar uma crise internacional e provocar um golpe de estado. Shigure acaba confrontando-se com Kenshin, e torna-se juiz, júri e executor, logo que vê o mesmo golpe que matou Gentatsu surgindo das mãos de Kenshin.
Numa seqüência final de lutas surge todo um sentimento de arrependimento e carinho, que faz com que ambos perdoem-se, mas outros planos estão esperando os dois novos companheiros.
Nas sombras do mundo da medicina, está o cirurgião sem licença Black Jack. Ele é conhecido por ser um milagreiro apesar de ser médico. Mas na verdade, não é bem assim. Ao invés de ser limitado pela burocracia, ele largou a vida na medicina para curar qualquer um usando o máximo de sua capacidade.
