Um dia, ele encontra um diário em um hospital. O diário pertence a sua colega de classe, uma garota chamada Yamauchi Sakura, que se revela estar sofrendo de uma doença terminal em seu pâncreas e que tem apenas alguns meses de vida. Sakura explica a ele que é a única pessoa fora de sua família que sabe sobre sua condição. Ele promete manter o segredo de Sakura e, apesar de suas personalidades completamente opostas, ele decide estar junto com Sakura durante seus últimos meses.
Um casal de pesquisadores fica para trás em seu planeta moribundo de Eltria com suas duas filhas, Amitie e Kirie, na esperança de encontrar uma maneira de reviver o planeta. Mas quando o marido Granz adoece parece que seu sonho de reviver o planeta vai morrer. Contra os desejos de sua irmã mais velha, Kirie parte com sua amiga de infância Iris para procurar ajuda em um mundo alternativo distante. Eles chegam ao Japão na Terra para procurar a chave para a regeneração de seu planeta. Lá, eles se encontram com Nanoha, Fate e Hayate
Oscar e Linda vivem atualmente em Tóquio. Ele sobrevive através de pequenos negócios como traficante e ela como uma stripper em uma boate. Durante um ataque policial, Oscar é atingido por uma bala. Enquanto está morrendo, seu espírito, fiel à promessa que Oscar fez à irmã de nunca desistir, se recusa a deixar o mundo dos vivos. Sua mente, então, viaja pela cidade e suas visões começam a ficar cada vez mais caóticas e apavorantes. Passado, presente e futuro se misturam em um redemoinho alucinante.
