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O cavaleiro errante, Bedivere, chega ao fim de sua jornada. O ano é 1273 AD em Jerusalém. A Terra Santa foi transformada em um enorme deserto, as pessoas foram forçadas a deixar suas casas e três grandes potências lutam entre si neste deserto. Os Cavaleiros da Távola Redonda se unem para proteger a Cidade Santa e seu Rei Leão. Com todo o seu reino convocado para uma terra estranha, Ozymandias, o Rei Sol, discretamente conspirou contra a tirania deste reino bizarro. Os montanheses, protetores daqueles que foram despojados de suas terras, aguardam sua chance de rebelião. Para cumprir sua missão, Bedivere segue para a Cidade Santa, onde o Rei Leão governa. Lá ele encontra o Mestre final da humanidade, Ritsuka Fujimaru, que veio a Jerusalém, acompanhado por seu Demi-Servo, Mash Kyrielight, em sua missão para restaurar a história humana. Bedivere se junta a Fujimaru e seus companheiros para empreender essa missão.
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Leon, que conseguiu suceder o nome do cavaleiro dourado "GARO", dedica-se à formação de um jovem Ccavaleiro Makai para a próxima geração, juntamente com o príncipe Alfonso do reino Valiante. Eles então recebem uma ordem para exterminar a mais bela Horror no mundo que reside em um país vizinho "Vazelia". Ao mesmo tempo, um jovem cavaleiro Makai é sequestrado por uma pessoa desconhecida. Leon segue desesperadamente seu rastro, apenas para descobrir que ele está cercado por seus inimigos em um beco sem saída. Em seguida, o cavaleiro Makai Dario que supunha-se estar a desaparecido por algum tempo, de repente aparece e o resgata. Sob a sua orientação, Leon é levado para a cidade onde ele se encontra com uma pessoa totalmente inesperada.
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O ano é 2148. Dois anos se passaram desde que o mundo foi defendido pela misteriosa Festum, deixando o mundo em paz. Soushi prometeu a Kazuki que um dia ele iria voltar à Ilha Tatsumiya, mas em vez disso ele ainda se mantém escondido, vivendo sua vida na paz que ele criou. Mas um dia, um misterioso navio chega à Ilha Tatsumiya... Um navio sem ninguém, apenas uma menina dormindo no navio. A paz não vai durar tanto tempo como todo mundo acreditava...
