My Hero Academia: World Heroes Mission é uma história original que se passa durante o inverno do arco Hero Internship. Um grupo misterioso que está determinado a eliminar todos aqueles com individualidades. Então, para salvar a todos, os Pro-Heroes precisam formar uma equipe mundial de heróis. É nesse momento que Deku, Bakugo, Todoroki e outros estudantes da Academia U.A. são chamados para combater essa ameaça.
É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.