Существуют люди, обладающие сверхъестественными способностями — причудами. Однако не все считают это благословлением. Ведь, если верить теории Судного дня, через некоторое время наступит миг, когда уже никто не сможет контролировать эти сверхъестественные силы, а значит, всё человечество вымрет. Поэтому загадочная организация Humalize во главе с Флектом Терном решает сделать всё, чтобы остановить распространение причуд. Они создают устройство, которое заставляет людей с причудами терять контроль и умирать.
Тем временем Деку учится в Отеоне у самого сильного героя, когда его обвиняют в преступлении, которого он не совершал. Парень пускается в бега вместе со своим случайным попутчиком — местным жителем Родди Соулом. Теперь Роди, Деку и его одноклассники должны уничтожить устройство, запущенное Флектом, и не допустить гибели людей с причудами.
Япония собирается отпраздновать крупнейший всемирный спортивный фестиваль в Токио. В то же время проходит приуроченная к открытию фестиваля церемония запуска первого в мире скоростного вакуумного поезда, объединяющего все последние японские технологии и развивающего скорость в 1000 км/ч, который должен проехать от станции Син-Нагоя до станции Сибахама в Токио. Зрители со всего мира следят за этими событиями, а в Токио собирается огромное количество иностранцев, однако на вечеринке для известных спонсоров происходит невероятное: один за другим исчезают ключевые менеджеры крупных кампаний. Конан приходит к выводу, что инцидент связан с похищениями пятнадцатилетней давности на церемонии открытия всемирного спортивный фестиваля в Бостоне…