Hace 300 años, un experimento con plantas en la luna acabó con medio satélite y con la población de la Tierra. Ahora sólo unos pocos supervivientes cohabitan en las ruinas de las antiguas ciudades. Una de estas ciudades es Neutral, donde vive Agito, un muchacho que siempre está metiendose en líos con su mejor amigo. Su padre, uno de los tres fundadores de la ciudad, y quizás el más importante, se convirtió en un humano mejorado al llegar a un acuerdo con el bosque y sus criaturas.
Las bolas perdidas son unos objetos con un gran poder que, reunidos, pueden desatar el caos en el mundo. Dos bandas rivales (los Cataplines y los Mariconchis) buscan hacerse con el control de las bolas. Los primeros quieren invocar al Maligno, y los segundos pretenden evitar que el mal se extienda por todas partes. La casualidad hace que una de las bolas llegue a manos de Shin chan, lo cual provoca que su familia se tenga que aliar con una aprendiz de policía sin sentido de la puntería, y con la banda de los Mariconchis, formada por tres estrambóticos travestidos. (FILMAFFINITY)
En un futuro cercano, en un mundo cuyo medio ambiente está destruido, la ONU ha puesto en marcha la existencia de una Neo-Jungla dirigida por Kenzo Oyama. Se trata de un parque artificial en el que los animales salvajes pueden seguir viviendo. En ese ambiente prefabricado Leo, un joven león blanco, sueña con poder ser algún día como su padre, el poderoso Panja. Mientras, Kenichi, el hijo de Kenzo Oyama, que posee la extraordinaria habilidad de hablar con los animales, descubre que esa jungla en la que vive Leo y que él creía auténtica no es sino un gran simulacro.
Two years after the events of Galaxy Express 999, Earth has become a battlefield, and Tetsuro is summoned to board the Three-Nine once more. In this, the shattering, full-length theatrical conclusion to Leiji Matsumoto's epic story, all questions will be answered and all mysteries will be revealed as Tetsuro embarks on a journey which will reveal a secret so awful, even Maetel herself can hardly bear to speak of it.
