Kazuhiro Takamura

ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

第501統合戦闘航空団が本格的に解散し、魔法力を失った芳佳は扶桑皇国で医学校入学を目指して勉学に励んでいた。ロマーニャ解放後の1945年、扶桑皇国のウィッチ服部静夏軍曹が美緒の命を受けて現れて、欧州のヘルウェティア医学校からの招聘状を渡し、芳佳が留学するときには欧州まで護衛として自分が付き添うよう指示されていることを話す。最先端の医学が学べると意欲を燃やす芳佳は留学を決意し軍医少尉相当として現役復帰し、静夏と共に欧州へ向かう。一方、ガリアが解放されヴェネツィアのレガタ・ストリカの再開が予定されるなど、小康状態にある欧州だが、国境警備で確認されない不審なネウロイが現れていた。

汎用ヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンに乗ることで、自ら戦うことを選んだ碇シンジ。大きな運命を託された14歳の少年の物語は、ここから未知の領域へ突入する。また、綾波レイと人気を二分するヒロイン、アスカがエヴァンゲリオン2号機に乗って参戦。加えて魅惑の新ヒロインが登場する。そして、謎の生命体“使徒”とEVAシリーズの戦いは新エヴァンゲリオンの参加で、さらに激しくエスカレートしていく。