No rescaldo do Quarto Impacto, presos sem seus Evangelions, Shinji, Asuka e Rei procuram refúgio nos desolados restos vermelhos de Tokyo-3. Mas o perigo para o mundo está longe de acabar. Um novo impacto está surgindo no horizonte - aquele que provará ser o verdadeiro fim de Evangelion.
A história do filme desenrola-se na Europa onde Yoshika Miyafuji que perdeu os seus poderes na última missão das Strike Witches estuda para se tornar médica.
Continuando de onde o último filme ("Evangelion 1.11: Você (Não) Está Só") parou, o filme começa com uma nova criança, Mari Illustrious Makinami, que pilota a Unidade 05 para destruir o Terceiro Anjo que ataca a base ártica da NERV.
