‘에반게리온’ 신극장판 시리즈의 제4부이자 완결편 미사토가 이끄는 반네르프 조직 ‘빌레’는 코어화로 붉게 물든 파리 구시가에 있다. 기함 AAA 분더에서 선발대가 강하하여, 남겨져 있던 봉인주에 안착한다. 복원 작전의 작업 가능 시간은 고작 720초. 결사의 작전 수행 중 ‘네르프’의 EVA가 대량으로 무리를 이루고 접근하여, 마리의 개(改) 8호기가 요격을 개시한다. 한편 신지, 아스카, 아야나미 레이 (가칭) 세 사람은 일본의 대지를 떠돌고 있다…….
제 501통합전투항공단이 본격적으로 해산되어, 마력을 상실한 요시카는 후소황국에서 의학교 입학을 목표로 공부에 열중하고 있었다. 로마냐 해방 후인 1945년, 후소황국의 위치인 핫토리 시즈카 중사가 나타나 유럽의 의사학교로부터의 초대장을 건네며, 요시카가 유학을 갈 때에는 자신이 유럽까지 호위로서 따라가도록 지시받았다고 이야기한다. 최첨단 의학을 배울 수 있다며 의욕을 불태우는 요시카는 유학을 결심하고 시즈카와 함께 유럽으로 향한다. 한편, 갈리아가 해방되어 베네치아 공국의 레가타 스토리카의 재개가 예정되는 등, 소강상태에 접어든 유럽이었지만, 국경에서 확인되지 않은 수상한 네우로이가 나타나고 있었다.
세컨드 임팩트의 충격으로 인류의 절반이 사라진 이 곳에 정체불명의 사도들이 다시 공격해 오기 시작한다. 특무기관 네르프 소속의 14세 파일럿들은 각자의 에반게리온을 타고 사도의 위협에 맞서 싸운다. 자신이 왜 타야 하는지도 모른 체 에반게리온을 타는 신지와 자신의 임무를 묵묵히 수행하는 레이. 그리고 에반게리온을 통해 자신의 능력을 표출하고 싶은 아스카까지! 같은 운명을 타고난 그들은 조금씩 마음을 열고 연대하기 시작한다. 그리고 사도들 시시각각 새로운 모습으로 그들에게 공격을 가해오는데...
